El análisis del genoma de las partículas virales de portadores crónicos de VHB demuestra que un pequeño número de cepas mutantes pueden circular conjuntamente con cepas del virus salvaje en la fase de replicación activa (fase HBeAg positiva). Durante la fase de seroconversión e los virus mutantes son seleccionados inmunológicamente ya que la lisis hepatocitaria afecta a aquellos hepatocitos con predominio de virus salvaje, mientras que los hepatocitos con el VHB mutante escaparían de la eliminación inmune. Probablemente la acción citotóxica de los linfocitos T exige la expresión en la superficie de los hepatocitos de HBeAg, de modo que no se destruyen los hepatocitos infectados por la variante con mutación precore.