Los interferones actúan contra las infecciones víricas a través de su estimulación del sistema inmune y por tanto es previsible su escasa eficacia en los pacientes que han desarrollado una tolerancia inmunológica al virus debido a un contacto en la época perinatal y en los pacientes inmunosuprimidos como consecuencia de alguna otra enfermedad (síndrome de inmunodeficiencia adquirida) o del tratamiento inmunosupresor. Así mismo pueden facilitar el desencadenamiento de trastornos autoinmunes latentes o la aparición de mutantes del virus.