Está marcada por una acentuación de las anomalías celulares (irregularidad de los contornos, pluriestratificación, pérdida de la polaridad normal) y la presencia de alteraciones que interesan la configuración de las criptas y de las glándulas (ramificación, botones o excrecencias intraluminales, desorganización en relación a la superficie, etc.). Esta asociación de criterios citológicos y arquitecturales, es esencial para hacer el diagnóstico de displasia severa. Algunos autores encuentran gran dificultad en la separación entre este grado de displasia y un carcinoma "in situ".