El diagnóstico correcto y la terapéutica de los pólipos gástricos se fundamenta actualmente en la polipectomía endoscópica. Su resección permite, no sólo su estudio histológico sino la extirpación de una lesión que puede ser preneoplásica. Aunque técnicamente es similar a la de colon, presenta características particulares. La pared gástrica está muy vascularizada, la tolerancia prolongada al endoscopio es menor que en colon y la motilidad tiende a "llevarse" al pólipo distalmente, alejándolo tras su resección. Todo ello contribuye a un mayor riesgo de hemorragia y de pérdida del pólipo resecado.

El pólipo submucoso tiene una especial consideración, ya que desconocemos que espesor de la pared ocupa y su extirpación entraña aún más riesgo.