Antiguamente no era considerada premaligna ; sólo en 1948 se aceptó este riesgo, cuando se vió que la incidencia de cáncer en pacientes con enfermedad de Crohn (EC) de inicio en la infancia era de 2,2%. La mayoría se localizan en colon derecho. Actualmente se considera que la EC aumenta el riesgo de cáncer de modo similar a la Colitis Ulcerosa de lado izquierdo, y menos que la pancolitis. Por otra parte, el carcinoma anal es 10 veces más frecuente en pacientes afectos de Enf de Crohn que en casos control.

La afectación del colon en esta enfermedad es frecuente. Puede verse en cualquier localización, frecuentemente como segmentos irregulares separados por mucosa sana. Las ulceraciones, en fases avanzadas son característicamente lineales, serpiginosas. Es frecuente la afectación de la válvula ileocecal que se muestra incompetente y con reflujo retrógrado.