Actualmente se postula que existen dos tipos de cepas de Helicobacter. Una denominada tipo I, que expresa la citotoxina vacuolante (Vac A) y el antígeno asociado a citotoxina (Cag A) y que predispone a la aparición de úlcera péptica gastroduodenal, por su mayor agresividad y la tipo II, que no expresa ambos marcadores y se asocia más bien con la existencia de gastritis crónica, sin ulceración.